Стекло, как я понимаю, вставляется в направляющую и фиксируется болтами?
На другой машине была похожая ерунда. В итоге купил резиновый герметик, он так и называется, не путать с прокладкой-герметиком.
Короче говоря, разобрал дверь, как следует пролил герметиком направляющую и вставил стекло. Потом все собрал. После такой процедуры стекло перестало перекашивать.
Уплотнители тоже были дубовые.